Началом истории Университета можно считать основание в 1988 году Института экономики и финансов «Синергия», который впоследствии был преобразован в Международную школу бизнеса «Синергия» - одну из самых старейших бизнес-школ в России и СНГ. Именно этой авторитетной организации, с которой в 2011 году произошло объединение, Университет обязан своим наименованием.
История Университета, как высшего учебного заведения началась немного позже в 1995 году с основания Московского международного института эконометрики, информатики, финансов и права (ныне Московский финансово-промышленный университет «Синергия») и получения им лицензии Министерства образования и науки Российской Федерации на образовательную деятельность. В начале 1999 года после первого выпуска специалистов вуз прошел государственную аккредитацию. После 10 лет успешной работы в 2005 году решением Аккредитационной коллегии Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки вузу присвоили статус Академии, а уже в 2011 вуз получил почетный статус Университета.
Активное развитие дистанционного обучения в России началось в 1996 году. Во время II Международного конгресса UNESCO «Образование и информатика» свыше 1200 представителей их разных стран мира высказались о необходимости модернизации образовательного процесса. В 1997 году стартовал широкомасштабный эксперимент по внедрению в учебные заведения нашей страны новых технологий обучения. Московский финансово-промышленный университет «Синергия» — крупнейший инновационный вуз России и СНГ, одним из первых начал применять новый вид дистанционного обучения через Интернет.
В 1999 году специалисты Университета создали первый в России учебный online-ресурс на русском языке E-education.ru. Портал стал образцом Hi-tech в образовании. Он также полностью отвечал принципам глобализации и академической мобильности, закрепленным в Болонской декларации. Это было настоящей революцией в сфере обучения.
В 2005 году Московский финансово-промышленный университет «Синергия» вновь подтвердил свой новаторский статус. У вуза появилась образовательная online-платформа нового поколения «MegaCampus». Размещенные на портале учебные программы соответствовали стандартам SCORM (Sharable Content Object Reference Model) и были отмечены международным знаком качества UNIQUe. Помимо Московский финансово-промышленный университет «Синергия» на портале успешно реализовывали свои дистанционные курсы партнерские вузы и учебные центры.
В 2011 году была разработана полнофункциональная система дистанционного обучения «MegaCampus 2.0». В обновленной версии портала появился дополнительный функционал: образовательная социальная сеть, видео-лекции, анимированные уроки, вебинары, электронные учебники, интерактивные тесты и прочее.
Сейчас Московский финансово-промышленный университет «Синергия» активно развивает свою инновационную систему дистанционного обучения, в том числе и на научном уровне. Ведущие специалисты вуза представляют свои разработки в области дистанционного обучения на всероссийских и международных конференциях, участвуют в семинарах и грантах.
В 2012-2013 годах Университет ведет активную деятельность, направленную на развитие вуза и укрепление его позиций на российском образовательном рынке. Среди значимых событий стоит отметить следующие:
В 2014 году Университет открыл новый факультет Лингвистики. Более тысячи волонтеров из Центра подготовки волонтеров Университета «Синергия» отправились на XXII Олимпийские зимние игры и XI Паралимпийские зимние игры в Сочи, за что Университет получает награду «За значительный вклад в реализацию волонтерской программы „Сочи-2014“ и развитие волонтерского движения в РФ».